В городе работают рыбоконсервный и осетрово-рыбоводный заводы: приморское расположение города обеспечивает развитие рыболовства, рыбоводства и последующей переработки рыбы. Также развито виноградарство и виноделие, в городе расположен коньячный завод. Промышленное производство представлено деятельностью опытно-механического завода и завода строительных материалов. В Темрюкском порту функционирует судоремонтный завод.